La chiesa di Sant'Orsola (detta anche "Chiesa del Purgatorio") sorse nel XVI-XVII secolo per volontà del sacerdote don Giovanni Donato Verna che voleva affiancarvi anche un monastero per suore. Una disputa  sulla proprietà, scoppiata tra i Verna ed altri, si risolse con la donazione della chiesa alla Congregazione dei Morti, avvenuta l'8 dicembre 1638.

La Congregazione acquistò molte case intorno alla chiesa, per soddisfare il desiderio del Verna, senza però riuscire a realizzare il monastero. La congregazione ha conseguito successivamente il titolo di Arciconfraternita, ottenendo il regio exequatur nel 1769.

La Chiesa di Sant'Orsola conta nei secoli diversi restauri. L'ultimo, recentissimo, l'ha riportata all'antico splendore. Oggigiorno ha la facciata in stile barocco rococò e si presenta ricca di stucchi. E' finemente affrescata nel 1938 da pregevoli affreschi a tempera (link in alto) dell'artista milanese Natale Penati, fra cui il Martirio di Sant'Orsola. Le pitture del Penati  sono incastonate in cornici cosiddette “a tabernacolo”, che cioè riprendono i motivi degli elementi architettonici della chiesa, formando in tal modo un armonico insieme di forme e di pitture.

E' sicuramente la chiesa artisticamente più interessante della città di San Giovanni Rotondo. Fra gli affreschi si ricordano la “Madonna col Bambino, San Gaetano e Anime del Purgatorio” di scuola napoletana (1655). A sinistra dell’ingresso una “Deposizione” di scuola veneta del XVI  secolo, in cattivo stato di conservazione. La chiesa conserva anche un tesoro costituito di reliquiari, calici, ostensori di argento. Tra questi anche una bacinella lustrale in rame lavorata a sbalzo con motivi ornamentali floreali e con scene dell’annunciazione, di probabile scuola fiamminga del secolo XV e da qualcuno attribuita a qualche artigiano arabo di Lucera (secolo XIII). Il pezzo è stato esposto a Bari in una recente mostra organizzata dalla Sopraintendenza. Negli ultimi anni la chiesa ha subito una radicale opera di restauro affidata a maestranze locali. A seguito della rimozione del pavimento e dell’esplorazione delle cripte per le sepolture  sono emersi interessanti elementi sui costumi di sepoltura e sull’originaria fondazione della chiesa, che probabilmente era impostata, sull’asse longitudinale, in maniera leggermente obliqua rispetto all’andamento attualmente. Restauri hanno subito anche gli apparati lignei (il coro e i pulpiti) e le pitture del soffitto. A Sant’Orsola si tiene una delle più interessanti ricorrenze pasquali: i Sepolcri.

I Sepolcri

Nella tradizione sangiovannese i riti della Settimana Santa cominciano con i "sepolcri", ovvero la visita delle Chiese del centro antico che prosegue con i riti che si svolgono presso la Chiesa di S. Orsola dove risiede ed opera l'Arciconfraternita dei morti.
Il Giovedì Santo,  con l’inizio della Passione di Cristo, nella Chiesa di S. Orsola si tiene il rito del canto dei salmi che culmina con il terremoto (un gran fragore prodotto da particolari strumenti detti Castagnole) che rievoca la scossa che fece sussultare il Golgota allo spirare di Gesù.
Nella giornata del Venerdì Santo ha luogo la Processione del perdono, che consiste nell'incontro della Madonna con Gesù.
Durante la processione che si snoda per le principali vie cittadine la Madonna dell'Addolorata e Gesù che percorrono vie diverse si incontrano al termine dei rispettivi percorsi davanti alle porte del Palazzo di Città.